从前，钟太傅在他的花园中种了一株菖蒲。后来菖蒲长出了花苞，钟太傅便在花苞上亲吻了一下，许下了想得到一个拇指一般小的姑娘的愿望。在花苞开出花朵后，钟太傅发现花瓣中央出现了一只小小的，但非常美丽的钟会，感到十分惊喜。因为钟会只有钟太傅的拇指那么大，便被命名为拇指姑娘。

拇指钟会的美貌随即吸引了一只蟾蜍妈妈何晏的注意。何晏妈妈相信拇指钟会可以成为她儿子王弼梦寐以求的新娘，于是便在一天夜里绑架了拇指钟会，带回家给她的王弼。王弼马上为拇指钟会的美貌而神魂颠倒，并把她留在荷叶上。但是拇指钟会机智地请水中的鱼帮她咬断了荷叶的茎，而一只好心的蝴蝶荀勖也拉着拇指钟会的缎带把她拉到安全的地方。然而，在几乎可以安然脱险之际，一只甲虫出现，把拇指钟会掳走。

为拇指钟会的美貌深深着迷的甲虫把拇指钟会带回家中，但甲虫的妻子郭槐女儿贾南风却认为钟会非常丑陋，于是把拇指钟会遗弃在森林里。当拇指钟会在冬天的森林里又饿又累时，遇到了一只田鼠婆婆司马师收留她。但不久之后，司马师却要拇指钟会嫁给鼹鼠司马昭以报答救命之恩，而婚礼即将在春天最后的冰雪消融之后举行。

由于鼹鼠司马昭不喜欢地面的美丽世界，因此拇指钟会嫁给司马昭就意味着她永远得生活在黑暗的地底，拇指钟会为此感到极不高兴。于是，拇指钟会怀着百感交集的心情到地面去看了最后一眼。这时一只姜维鸟从空中飞过，看到拇指钟会的不悦，便问拇指钟会愿不愿意随他到更好的地方去。

拇指钟会同意让姜维带她离开这片花田，于是姜维要拇指钟会挑选一朵属于她的花。当拇指钟会挑选了一朵造反之花时，死神王子也同时出现。死神王子深深地被拇指钟会的美貌吸引，便问拇指钟会是否愿意嫁给他。拇指姑娘接受了死神王子的求婚，然后为自己改名为瘟神。最后，死神王子给了瘟神钟会一对翅膀，两人双双飞到死神王子的国度，从此过着快乐的生活。